В 1903 году была открыта первая школа, которая располагалась в крестьянской избе. Девять-двенадцать учеников и один учитель - вот и вся школа. Отдельное здание школы появилось в 1914 году, оно было построено на средства шахтовладельца Е. Парамонова. Школа была четырехлетней. Такой она оставалась до 1934 года. В ней обучалось до ста детей рабочих и крестьян. Кроме основных занятий с детьми по вечерам в школе проводили занятия с взрослыми жителями посёлка, не владеющими грамотой.

              С 1934 по 1939 годы школа располагалась в основном в трёх небольших зданиях. Теперь она была семилетней. Здесь училось более трёхсот учащихся, работало девять учителей. В 1938 году построено новое двухэтажное здание, где школа располагается и сейчас. С 1939 года она стала средней. Первый выпуск состоялся в 1940-1941 учебном году. Из восьми ушедших на фронт учеников с фронта вернулись четверо. В годы оккупации школа не функционировала. Она открылась после освобождения посёлка в 1943 году и вновь стала семилетней. В послевоенные годы среди учителей было много фронтовиков. Это Трунов Г.П. учитель математики, Гатицкий Г.И. учитель истории, Скок В.Л. учитель ИЗО и черчения, Камельтинов К.А. учитель химии, директор школы Вережанский Ю.И. учитель физики, тоже фронтовик. Он руководил школой до 1975 года.

            Школа славилась трудовыми делами. Была организована производственная бригада. Ученики 5-6 классов выращивали на опытном участке овощи и фрукты для школьной столовой, а старшеклассники выезжали работать в подшефный колхоз. В 1957 году школьная производственная бригада принимала участие в ВДНХ в Москве. С 1950 года школа вновь стала десятилетней. Теперь здесь обучалось более 850 учащихся и работало 32 учителя.

         В 1963-1964 годах силами учащихся сделали пристройку. В ней разместился спортивный зал, автокласс и три классные комнаты В конце 50-х годов вокруг школы был посажен фруктовый сад и разбит сквер. В 1965 году к 20-й годовщине Победы на территории школы был открыт памятник односельчанам, не вернувшимся с войны. ­ В это же время в школе велась большая краеведческая работа. Собран огромный материал о солдатах, погибших в феврале 1943 года при освобождении поселка. Велась активная переписка с родственниками погибших. В мае 1964 года жена и сыновья одного из них приехали на могилу погибшего героя. На митинге в честь Дня Победы Ильяс Хасбиуллович Хаймов горячо благодарил всех тех, кто помог его семье найти могилу отца.

     В 70-е - 80-е годы директором школы была Анисимова B.C. В это время большое внимание уделялось физкультурно-оздорови­тельной и культурно-массовой работе. Школь­ная волейбольная команда под руководством учителя физкультуры Соловьева В.В. неодно­кратно занимала призовые места в районных и городских соревнованиях. Из стен школы вышли многократный чемпион мира и Европы, заслуженный мастер спорта СССР по тяжелой атлетике Геннадий Вениаминович Бессонов, генерал-лейтенант Фетисов Михаил Григорьевич, поэтесса , член Союза российских писателей Манакова Мария Васильевна, отличник службы МВД, полковник Фетисов Юрий Алексеевич, кандидат технических наук Шевченко Иван Николаевич, кандидат медицинских наук, член учёной коллегии, полковник Кравченко Юрий Леонидович.  А школьный хор и танцевальный коллектив стали постоянными участниками смотров худо­жественной самодеятельности и неоднократ­но выступали на сценах клубов Октябрьского сельского района. В 90-е годы ученики школы совершали по­ходы по родному краю и участвовали в туристи­ческих слетах. В это время в школе впервые прошел коммунарский сбор и родилась тради­ция праздновать день Ученика.

       В 2002 школу возглавила ее выпускница Володина Нелли Михайловна. В этом же году образователь­ному учреждению было присвоено имя Героя Советского Союза Колесникова А.Н., выпуск­ника школы. Капитальный ремонт в 2004 году преобразил здание школы. При школе стало функционировать структурное подразделение (детский сад), в котором открыты две разновозрастные группы от 2,7 лет до 7 лет, реализующие образовательную программу дошкольного образования.

Под руководством Володиной Н.М. учреждение было награждено муниципальной грамотой за 3 место в реализации спортивно - досуговой деятельности по физическому воспитанию учащихся в рамках спартакиады школьников.

        В рамках программы «Патриотического воспитания» учащиеся совершали туристиче­ские походы по местам боевой славы. В школе сохранены уникальные краеведческие работы учащихся, которые неоднократно занимали призовые места в городе.

Школа в 2010 году приняла участие в выпуске сборника -буклета "Посёлок Сидорово-Кадамовский от истоков до наших дней".

        С 2017 года по 2020 год директором школы была Бородина Татьяна Евгеньевна.

Обучающиеся стали регулярными участниками и призерами Всероссийских молодежных чемпионатов призерами и победителями международных конкурсов «Слон» и «Старт». Ежегодно обучающиеся принимают участие, а также являются призерами и победителями во Всероссийских олимпиадах и конкурсах: «Олимпис», «Инфознайка».

         За творческий подход к обучению и воспитанию детей информация об учителях школы размещена на информационном Всероссийском интернет-портале «Доска Почета учителей России».

            С 2020 года по настоящее время школой руководит Баукова Елена Ивановна.

             Под руководством Бауковой Е.И. учреждение было награждено муниципальной грамотой за 2 место в реализации спортивно - досуговой деятельности по физическому воспитанию учащихся в рамках спартакиады школьников.  МБОУ СОШ №39 г.Шахты награждено дипломом Всероссийского профессионально - общественной инициативы «Родительское признание 2023 года». В 2023 году было создано и работает первичное отделение «Движение первых», председатель которого в числе активистов города Шахты принял участие в международной выставке – форуме «Россия», в рамках участия 2 регионального основного этапа форума на базе ВДНХ г. Москва. МБОУ СОШ №39 г.Шахты в 2024 году награждено Благодарственным письмом за оказанную помощь детям Луганской народной республики.

      В 2024 году в МБОУ СОШ №39 г.Шахты построена многофункциональная спортивная площадка в рамках регионального проекта губернатора Ростовской области Голубева В. «Сделаем вместе!»

    В 2024 году школа отметила свое 85-летие.

     В 2025 году МБОУ СОШ №39 г.Шахты награждено Благодарностью от волонтерской группы «ZOV ВМЕСТЕЗА ПОБЕДОЙ» и бойцов СВО подразделений, которым оказывали гуманитарную помощь в 2024-2025 учебном году.

     На базе школы работает секция Автономной некомерческой организации в сфере физической культуры и спорта «Спортивный центр Путь воина», в которую ходят обучающиеся 1-8 классов и регулярно занимают призовые места на областных и Всероссийских соревнованиях.

За 85 лет школой было выпущено 30 зо­лотых и 29 серебряных медалистов, награжденных медалью «За успехи в учении» и 1 золотой медалист, награжденный медалью «За успехи в учении выпускнику Дона». Выпускни­ки школы работают во всех отраслях народного хозяйства. Среди них и доктора наук, и воен­ные, видные бизнесмены, врачи и педагоги, почетные шахтеры. Сейчас в школе обучается около двухсот учащихся. Функционирует два спортивных зала, библиотека, компьютерный класс, открыт мультимедийный кабинет.

Разработана и реализуется программа «Новая формация» работы с одарёнными детьми. Школа живёт и развивается, коллектив учителей и учащихся достойно продолжают её традиции.

Будущее школы – в реализации идей:

– создания эмоционально стимулирующей учебной среды;

– развития инициативности и творчества обучающихся путем предоставления им возможности выбора «познавательных альтернатив» и максимального использования собственного потенциала;

– создания позитивной обстановки в школе за счет изменения роли и позиции учителя и превращения его из контролера в консультанта.

Конечный образовательный результат деятельности школы – это готовность выпускника школы к успешной деятельности в учебной, профессиональной и социальной среде.